تيموريان هند شد ، به سمرقند دعوت كرده و وعدهء تسليم شهر را به او مىدادند . ازاين‌رو ، سلطان على ميرزا قبل از ديگران با يك گروه از ملازمان خود بنا به درخواست مادر خويش به قرارگاه محمد خان شيبانى رفت . به دنبال او اشراف سمرقند نيز چنين كردند و بدين‌ترتيب سمرقند بدون خونريزى ، به دست خان ازبك افتاد . اما ديرى نپاييد كه عده‌اى از اشراف سمرقند و بخارا كه خواهان استقرار حاكميت تيموريان بودند ، بابر را به سمرقند و حمله به آن شهر فراخواندند . سرانجام سمرقند به دست بابر فتح شد ولى اندكى بعد در محاربه‌اى كه در ساحل زرافشان رخ داد ، از محمد خان شيبانى شكست خورد و به سمرقند عقب‌نشينى كرد . محمد خان شيبانى اين‌بار سمرقند را در محاصره گرفت . ايام محاصره مدتها به طول انجاميد و مردم شهر در وضعيتى بحرانى قرار گرفتند ، اما مددى به بابر نرسيد و او ناچار از سمرقند گريخت و شهر به دست محمد خان شيبانى افتاد . محمد يار بن عرب قطغان اين نبردها را هنگام تسخير سمرقند به قلم درآورده است . آنگاه از فتوحات محمد خان شيبانى در نواحى ديگر ، چون قراكول ، اوراتپه و تاشكند و چگونگى شكست خسرو شاه والى حصار و فتح قلمرو تحت حاكميت وى و گسترش قلمرو محمد خان شيبانى و چشم طمع دوختن خان شيبانى به خراسان سخن گفته است . سپس با ذكر مرگ سلطان حسين بايقرا ( 11 ذىحجه 911 ) اختلافاتى را كه ميان پسرانش پس از مرگ وى درگرفت ، منعكس مىسازد و روايت مىكند كه چگونه دولت تيمورى در هرات دستخوش زوال شد و ضربهء نهايى بر پيكر اين خاندان فرود آمد و آرزوى شيبانى خان تحقق يافت ، يعنى هر دو پسر سلطان حسين ميرزا كه همزمان باهم بر تخت سلطنت جلوس كرده بودند ، هر يك به سويى گريختند و روحانيون و اشراف و امرا پيكى به محمد خان شيبانى فرستاده و اظهار اطاعت كردند . متن اين نامه را خواندمير در اثر معروف خود حبيب السير آورده است . بدين ترتيب محمد خان شيبانى كه از ديرباز در انديشهء تصرف خراسان و هرات بود ، به خراسان لشكر كشيد . ازبكان در هرات به بهانه‌هاى گوناگون به شكنجهء متمولين هرات پرداخته و آنچه توانستند از ايشان گرفتند . « آن مقدار لآلى آبدار و درّ شاهوار و ياقوت رمانى و لعل بدخشانى و ساير جواهرات و طلاآلات به حصول پيوست كه عشر عشير آن در خزانهء خيال هيچ پادشاه بااستقلال نمىگنجيد و از جهات امرا و اركان دولت آن دودمان عالى شأن هر